染色体原位杂交实验的基本原理是利用特定标记的已知碱基序列的核酸探针，依据碱基互补配对原理，与中期染色体玻片标本中的同源 DNA 序列进行杂交。
标记可以用放1射性同位素（3H、35S、32P），然后进行放1射自显影；也可以用非放1射性的荧光素生物素、地1高辛，再用荧光显微镜进行观察，即荧光原位杂交（fluorescent in situhybridization，FISH）技术。
20世纪80年代的DNA原位杂交开启了分子病理检测的大门，随后相继出现了在组织切片上的原位杂交，目的是检测肝1炎和肝1癌组织中的乙1肝1病毒。之后，越来越多的肿1瘤相关基因被发现，一批用于检测靶向治1疗药1物靶点的分子病理技术迅速问世，如FISH检测乳1腺癌HER2基因扩增、ARMS法检测肺1癌1基因突变等。
水稻种子是人类重要的食物来源，其发育涉及一个复杂的调控网络，其中转录因子发挥了关键作用。MADS转录因子家族成员是植物花器1官发育的重要调控因子，已有的研究表明，几乎所有的水稻MADS基因都在种子中表达，但对MADS家族成员参与水稻种子发育调控的研究结果仍比较少。
在这项研究中，研究组基于前期的表达谱研究基础，分析得到了一个在水稻生殖发育阶段优先表达的转录因子MADS29。细致分析表明，MADS29在花药、胚珠和种子中均表达，且在受精后的母体组织表达量高。MADS29的反义转1基因植株呈现种子皱缩、淀粉粒形态异常、灌浆速率下降等表型。通过解剖学切片、末端转移酶标记实验和全基因组表达谱芯片分析等，水稻原位杂交技术服务，研究人员证明了MADS29通过调控程序化死1亡(PCD)过程促进珠心细胞和珠心突起处的降解。进一步的体外凝胶阻滞实验显示，MADS29能够通过直接结合程序化死1亡相关基因的启动子区域而调控其表达，进而影响胚乳发育。
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